小学生原康一在放学回家的路上捡到一块很大的石头。他把石头带回了家，没想到用水冲洗一下，竟然有一只小河童从里面跳了出来。康一给它取名叫“小咕”，他们成为了好朋友，共同洗澡、用餐、休息。小咕是一只能说人类语言的鸟，被埋在地下已有几百年。上原一家成员都接受了小咕，他成为了他们家的秘密。然而，有一天，小咕想跟伙伴回家一起玩，康一就带着它出去了。小咕发现外面的环境已经面目全非，对河童生存来说不再适宜，无法找到同伴。这让康一感到心痛。为了让小咕找到适合自己生活的地方，他带着它去了远野县，那里依然有河童传说流传。两人在美丽的自然环境中发现了适合河童生活的地方。小咕在清澈的河水中快乐地游泳，康一也为它感到高兴。然而，在这个地方，他们找不到其他的河童。康一听到村民说：“抓到一只河童可以获得一千万！”他匆忙带着小咕离开了那个地方。回到家时，康一惊讶地看见一名小型报纸记者。大家终于知道了小咕的秘密。康一的父亲收到公司的命令，必须让河童登上电视节目。为了上原一家，小咕决定参加电视节目。然而，到了现场，小咕发现一位看起来非常像杀害它亲生父亲的人。在恐惧中，小咕奋力逃离，但无论去哪里，都能看到密密麻麻的人群。为了躲避让它感到恐惧的人类，小咕爬上了东京塔。在夏日的阳光下，它感到疲倦不堪。小咕望着城市，孤独地低声说：“无论去哪里，都找不到一个宁静的地方，这里就是人类的巢穴。”它的心情变得极差，想去看望爸爸……