《国子监来了个女弟子》讲述了京城四大公子晏云之、卓文远、闫炎、宋洛天的故事。这四位公子身份显赫，都在国子监读书，备受朝廷重视，也是众多少女追逐的对象。
晏云之是四大公子中的领头人，他是国子监的校长，周围有很多女子纷纷围绕。他曾与京城第一才女苏解语有过婚约，但后来他喜欢上了桑祈，主动取消了婚约。然而，晏云之和桑祈之间的感情经历了许多困难。桑祈的父亲不同意他们在一起，晏云之的父母也反对桑祈嫁入晏府。尽管两人面临着卓文远的破坏，但他们的感情始终坚定，最终成功走到一起。
卓文远也是四大公子之一，他在国子监毕业后得到了皇上的重用，成为吏部的一员，权力极大。卓文远一直打压晏云之，原因就是因为桑祈。他为了达到目的不择手段。最终，在桑祈的亲手下，卓文远被杀。
四大公子中的闫炎和宋洛天是欢喜冤家，他们是好兄弟也是相爱相杀。两人在国子监读书后一直相互对抗，但在这过程中培养了深厚的感情。他们毕业后都成为侍卫，继续相爱相杀的关系，但在彼此面临困难时，都会站出来支持对方。
连翩是桑祈的丫鬟，她和闫炎产生了感情。当闫炎一直在桑祈身边时，连翩经常阻止他接近桑祈。他们在相处中逐渐产生了感情，在最后克服了各种困难，走到了一起。