《国子监来了个女弟子》是一部曾经引发一些争议的网剧，然而在大结局之后，再次引起了人们的关注。观众们都很想知道这部剧的最终结果，男女主角是否能够在一起。
在大结局中，桑祈和晏云之终于走到了一起，两人举行了盛大的婚礼，享受了大家的祝福。特别的是，桑祈没有像以往一样坐在轿子里，而是选择自己骑马，就像男性角色那样，骑马前往与男主角约定的地点举行婚礼。
婚礼的地点也很特别，桑祈和晏云之选择在国子监举办婚礼。国子监是两人初次相识的地方，而且之后他们也都在国子监工作，这里有许多美好的回忆，所以选择这个地方举办婚礼更加有意义。桑祈在婚后也继续留在国子监，成为了该监有史以来第一位女博士，与晏云之展开了幸福的生活。
然而，对于卓文远来说，结局并不美好。他曾经算计过桑祈和晏云之，但最终失败了，反而被两人联手反击，并留下了证据证明他所犯下的罪行。卓文远知道自己无力回天，在与桑祈最后的决斗中，明明他的武功高于桑祈，却选择了主动放弃自己的生命，自尽身亡。
宋佳音得知卓文远所做的一切后，心灰意冷。尽管如此，她还是为自己心爱的人处理了尸体。而宋家全家人也因为与卓文远的关系被牵连，被全部流放。
幸运的是，闫琰和莲翩因为站在了正确的一方，支持桑祈和晏云之，他们最终也走到了一起，不会因为门第身份而错过在一起的机会。他们也算是因祸得福了。